Необходимо пересобрать файл либо более старой версией mkvmerge (оптимальна версия 3.4.0), либо любой новой, отключив сжатие в настроках (опции - mmg - disable header removal compression... - поставить галочку, нажать OK и перезагрузить mkvmerge). а чем можно это сделать, из GUI под винду есть тольк...